Le site de Peyrepertuse a été occupée à l’époque romaine, dès les débuts du 1er siècle avant J.C. La première mention du château date de 1070, à une époque où le Pérapertusès était dans la mouvance des comtes catalans de Bésalù. Il est le centre du micro-pays et de l’ancienne seigneurie du Peyrepertusès (en Occitan: Pèirapertusés) qui veut dire"pierre percée".
En 1111 il passe dans le domaine des comtes de Barcelone. Il devient un fief de la vicomté de Narbonne. À partir 1180, le comte de Barcelone, Alphonse II devenu roi d’Aragon s’émancipe de sa vassalité au roi de France. La zone devint de facto une frontière. À l’époque de la croisade contre les Albigeois, il est le fief de Guillaume de Peyrepertuse qui, ne voulant pas se soumettre, est excommunié en 1224. Ce dernier se soumait après l’échec du siège de Carcassonne, et le château devient une possession française en 1240. En 1242, Saint-Louis décide de le renforcer et de lui ajouter une deuxième partie, le donjon Sant Jordi, situé plus en hauteur sur la crête. Il fait construire un escalier assez abrupt pour relier le donjon Sant Jordi et le donjon vieux. Le donjon Sant-Jordi est alors construit entre 1250 et 1251. Le Donjon Vieux est réaménagé ainsi que l’église Sainte-Marie qui existait antérieurement.
La situation est confuse dans cette région jusqu’à la
Coordonnées: Lat: 42.870815, Lon: 2.555501